债券基金一般需要申购费与赎回费，但是短债型基金如易方达月月收益，南方多利等，和货币基金一样，不需要申购费与赎回费。另外， 博时稳定价值、招商安本增利、招商债券基金B、华夏债券c都没有申购费和赎回费，中信稳定双利没有申购费，持有30天以内赎回费率为0.1％，持有30天及以上不收赎回费。其他债券基金申购费率0.8％-1.2％不等，在基金公司网站申购费率为0.6％。
基金申购分为前端申购和后端申购，后端申购费率为0，只在赎回时根据持有年限来计算费率。前端申购时申购就被扣费，目前多家基金公司申购股票型基金的手续费率通常为1.5%，但从第三方理财平台上申购手续费率可打四折只要0.6%。以申购10万元股票型基金为例，如从银行渠道申购，手续费为1500元，从第三方理财平台申购手续费只需600元，两种申购渠道差价900元。