南京最好的大学就是南京大学，其次是东南大学，都是985、双一流、中央直管的副部级全国重点大学。其他比较好的还有以下这些211院校：河海大学、南京农业大学、南京理工大学、南京航空航天大学、南京师范大学、中国药科大学
??南京市（38所）
南京大学* #
东南大学* #
南京航空航天大学* #
南京理工大学* #
河海大学* #
南京农业大学* #
中国药科大学* #
南京师范大学#
南京邮电大学
南京林业大学
南京医科大学
南京艺术学院
南京信息工程大学
南京工业大学
南京中医药大学
南京审计学院
南京体育学院▲
南京工程学院
南京晓庄学院 ※
江苏警官学院▲
金陵科技学院※
三江学院 （民）
南京森林公安高等专科学校*
江苏联合职业技术学院※
南京工业职业技术学院
南京交通职业技术学院▲
南京化工职业技术学院
江苏经贸职业技术学院
南京信息职业技术学院▲
南京特殊教育职业技术学院
江苏海事职业技术学院
南京铁道职业技术学院
应天职业技术学院（民）
钟山职业技术学院（民）
正德职业技术学院（民）
金肯职业技术学院（ 民）
南京视觉艺术职业学院（民）
打“*”为部委属高校（10所），打“#”为“211工程”高校(11所)，打“※”为市属高校（22所），。