1.运输费发票问题

《货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票管理办法》（税总发〔2017〕55号）第三条规定：“纳税人在境内提供公路或内河货物运输服务，需要开具增值税专用发票的，可在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地（含互联网物流平台所在地）中任何一地，就近向税务机关（以下称代开单位）申请代开增值税专用发票。”

实践中，物流企业将运输服务委托给货车司机，而后者在符合条件的情况下可以向税务机关申请代开增值税专用发票，而这可以作为物流企业的进项予以抵扣。但如果业务并非真实发生的，则可能构成虚开发票的情形。

2.成品油发票问题

《关于跨境应税行为免税备案等增值税问题的公告》（税总发〔2017〕30号）第二条规定：“纳税人以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成全部或部分运输服务时，自行采购并交给实际承运人使用的成品油和支付的道路、桥、闸通行费，同时符合下列条件的，其进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）成品油和道路、桥、闸通行费，应用于纳税人委托实际承运人完成的运输服务；（二）取得的增值税扣税凭证符合现行规定。”

对于物流企业提供的无运输工具承运业务，如使用成品油专用发票予以抵扣，应注意以下问题：一是发票抬头应为物流企业自身，即成品油须是物流企业自行采购的，对于由实际运输户采购的，则不得抵扣；二是成品油须是实际承运人用于完成的运输服务，对于赠送给其他单位或者个人使用的，则不应予以抵扣。

3.通行费发票问题

《关于跨境应税行为免税备案等增值税问题的公告》（税总发〔2017〕30号）第二条规定：“纳税人以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成全部或部分运输服务时，自行采购并交给实际承运人使用的成品油和支付的道路、桥、闸通行费，同时符合下列条件的，其进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）成品油和道路、桥、闸通行费，应用于纳税人委托实际承运人完成的运输服务；（二）取得的增值税扣税凭证符合现行规定。”

《财政部税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》(财税〔2017〕90号)规定：“自2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费，按照以下规定抵扣进项税额：纳税人支付的道路通行费，按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额……”

物流企业出于少缴税款的考虑，往往会选择收集通行费发票作为进项税额抵扣，但予以抵扣的通行费发票所显示的行车日期与行车轨迹应属于开展运输业务的合理线路范围之内。非因开展经营业务而发生的通行费发票，不应作为进项税额抵扣。

4.机动车发票问题

《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定：“任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。”

物流企业购置机动车作为固定资产入账，其所取得的机动车发票可作为进项予以抵扣。但物流企业购置机动车的业务应当是真实发生的。如果机动车销售发票所对应的购置车辆未在物流企业使用且没有报废、处置的记录，则机动车发票不应予以抵扣，且物流企业可能构成虚开发票的情况。

5.维修费发票问题

《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定：“任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。”

物流企业为其所有的车辆进行维修而支出费用，其所取得的维修费发票可作为进项予以抵扣。但物流企业为其所有的车辆进行维修应当是真实发生的。如果物流企业的车辆维修记录及车辆使用情况不相对应记录，则维修费发票不应予以抵扣，，且物流企业可能构成虚开发票的情况。

无法与企业车辆实际维修情况对应。

6.轮胎、零部件发票问题

《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定：“任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。”

物流企业采购轮胎、零部件作为汽车耗材，其所取得的轮胎、零部件发票可作为进项予以抵扣。但物流企业采购轮胎、车用零部件应当是真实发生的。如果物流企业的采购记录、库存清单以及领用记录不相对应，则该发票不应予以抵扣，，且物流企业可能构成虚开发票的情况。